紅樹植物是生長在海岸潮間帶環境的木本植物，包含了不同分類類群的數十個物種，是研究適應性趨同進化的極佳對象。課題組選擇了三個主要的紅樹植物類群共16種代表性的紅樹物種，進行了全基因組或轉錄組測序組裝，在全基因組水平檢測趨同進化。通過系統發育分析發現三個紅樹植物類群起源的時間十分接近，共同經歷了歷史上海平面的升降，并逐步適應潮間帶環境。論文進一步發展了準確估計分子水平趨同進化的方法，以陸生植物為對照，通過檢測趨同氨基酸替代的方法，成功收集到70多個在紅樹植物中趨同進化的基因。此外還發現紅樹植物更多的趨同進化發生在氨基酸組成和氨基酸替代模式的改變。相比于陸生植物，紅樹植物趨同地改變了9種氨基酸的使用頻率，更多地發生了平常少見的氨基酸替代模式。這種氨基酸組成的趨同進化有助于紅樹植物適應高鹽、動蕩且營養貧瘠的海岸潮間帶環境。這項研究通過合適的物種選取、大量的基因組數據和完備的對照組設置，首次真正在基因組水平上準確地檢測出趨同氨基酸替代位點。